Institucionalno je sve započelo u vrijeme vladavine Austro-Ugarske monarhije na ovim prostorima, kada je započet i jedan ozbiljan razvojni proces u oblasti voda, nastavilo se u Kraljevini Jugoslaviji nešto smanjenim aktivnostima, da bi u periodu poslije Drugog svjetskog rata pa sve do početka devedesetih godina prošloga stoljeća vodoprivreda u Bosni i Hercegovini doživjela puni zamah , kako u organizacijskom , tako i u materijalnom, kadrovskom i stručno-naučnom pogledu.
Rat je, nažalost, devastirao vodoprivredu u svakom pogledu. Javno preduzeće za "Vodno područje slivova rijeke Save” Sarajevo pod ovim nazivom ustanovljeno je Zakonom o vodama Federacije Bosne i Hercegovine usvojenim 1998. godine ( Službene novine Federacije BiH broj 18/98). Iz samog naziva preduzeća vidljivo je da se nadležnost preduzeća odnosi na rijeke, odnosno vode na području FBiH koje uviru u rijeku Savu, odnosno koje pripadaju Crnomorskom slivu. To znači da je briga o vodama organizovana po slivovskom principu , tako da sve rijeke i vode koje uviru u Jadransko more (Neretva, Cetina i dr.) pripadaju u nadležnost Javnog preduzaća za "Vodno područje slivova Jadranskog mora” u Mostaru.
Iako su organizacijska prestruktuiranja u tom periodu bila relativno česta, što je ponekad usporavalo ili ometalo razvojni proces, ipak je tekao sa većim ili manjim uspjesima, uslovljen, prije svega, ekonomskim i nekim društvenim ograničenjima. Bez obzira na to, vodoprivreda je shvaćena kao djelatnost koja je na mnogo načina bila prethodnica cjelovitog razvoja Bosne i Hercegovine.
Od 1. januara 2008. godine počela je primjena novog Zakona o vodama (Službene novine Federacije BiH, broj 70/2006), prema kojem se, umjesto dosadašnjih javnih preduzeća, osnivaju agencije za vodna područja radi provođenja zadataka upravljanja vodama koji se ovim Zakonom i propisima koji se donose na osnovu ovog Zakona, stavljaju u njihovu nadležnost. Konkretno, za područje Federacije BiH koje pripada Crnomorskom slivu nadležna je Agencija za vodno područje rijeke Save u Sarajevu, a za područje koje pripada Jadranskom slivu Agencija za vodno područje Jadranskog mora u Mostaru.
Početak rata 1992. godine zatekao je Vodoprivredu Bosne i Hercegovine organizovanu kroz Republički vodoprivredni društveni fond, Javno vodoprivredno preduzeće "Vodoprivreda Bosne i Hercegovine” i naučno-istraživačku instituciju "Zavod za vodoprivredu”.Svi su bili smješteni u savremenom poslovnom objektu u kojem je radilo skoro 300 zaposlenih, od čega je oko 70% bilo sa visokom stručnom spremom različitih zvanja (naravno najviše iz oblasti hidrotehnike), a medju njima pet doktora i 14 magistara nauka.
Upravljanje vodama u nadležnosti je Bosne i Hercegovine, Federacije, kantona, grada i općine (Zakon o vodama FBiH član 21). Zakoni na nivou entiteta, čija je procedura kreiranja i usvajanja dugogodišnja, urađeni su s ciljem pristupa upravljanju vodnim resursima u zemljama EU, u duhu približavanja BiH članstvu u ovoj organizaciji. Agencija za vodno područje rijeke Save ima ovlaštenja u okviru kojih donosi akte i odlučuje o pitanjima značajnim za upravljanje vodama. Cilj je zaštita i korištenje voda, zaštita od njihovog štetnog djelovanja i uređenje vodotoka.