Sektor za ekonomske poslove zadužen je za financijsko poslovanje, finansijsku politiku i finansijsko izvještavanje. Vrlo važna uloga Sektora je evidencija naplate vodnih naknada te implementacija projekata iz budžetskih i međunarodnih sredstava.
Sektor za ekonomske poslove ima dvije organizacione jedinice:

• Službu za finansijsko-računovodstvene poslove
• Službu za vodne naknade