Kabinet direktora pruža stručnu, administrativno-tehničku i operativnu podršku direktoru u planiranju, organizaciji i realizaciji poslova iz nadležnosti Agencije. Kabinet koordinira rad sektora i područnih ureda osiguravajući jedinstvenu primjenu procedura, uputstava i akata Agencije te usklađuje zajedničke aktivnosti s Vladom Federacije BiH, Federalnim ministarstvom poljoprivrede, vodoprivrede i šumarstva, agencijama za vode i drugim institucijama. Uz učestvovanje u pripremi strateških, planskih, podzakonskih i općih akata te internih procedura iz djelokruga Agencije, Kabinet prati zakonitost njenog rada, učestvuje u sjednicama stručnog kolegija, izrađuje i dostavlja informacije, izvještaje i druge materijale za potrebe direktora i organa upravljanja. Također, koordinira poslove odnosa s javnošću i pristupa informacijama u skladu sa zakonom, organizira službene sastanke, radne posjete te obavlja uredske i druge poslove po nalogu direktora.